Онлайн-семинар по применению нейросетей в анализе данных ГХ/МС

20 января 2021 года под эгидой ВМСО пройдет онлайн-семинар по применению нейросетей в анализе данных ГХ/МС с целью идентификации соединений и качественного сравнения массивов данных. Семинар будет проводиться на русском языке на платформе Zoom, время начала 19:00 (МСК).

Молекулярные сети на основе Global Natural Products Social Molecular Networking (GNPS) для данных газовой хроматографии-масс спектрометрии (ГХ-МС) 

Семинар

Среда 20 января 2021 года

О чем этот семинар

Цель этого семинара ознакомить участников как с тем как анализировать данные газовой хроматографии-масс спектрометрии (ГХ-МС) с использованием инфраструктуры анализа Глобальной социальной молекулярной сети (Global Natural Products Social Molecular Networking, GNPS, https://gnps.ucsd.edu). 

Аудитория

Данный семинар предназначен для исследователей использующих газовую хроматографию-масс-спектрометрию. Участники могут работать со своими собственными данными или с открытыми данными в формате cdf/mzML.  

Что необходимо для семинара

  1. Программное обеспечение для видеоконференций Zoom (обязательно)
  2. Зарегистрированный аккаунт на GNPS (https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/static/gnps-splash.jsp) (обязательно)
  3. Установленная программа Cystocape (https://cytoscape.org/ ) (обязательно).
  4. Собственные данные (желательно).

Задачи

  1. подготовка данных и метаданных
  2. анализ данных ГХ-МС на веб-платформе GNPS
  3. просмотр и интерпретация результатов на GNPS
  4. создание и интерпретация молекулярных сетей с помощью Cytoscape

Этикет использования Zoom

При входе на семинар все участники отключают микрофон. Если вы хотите задать вопрос, пожалуйста, отправьте сообщение в чат. Мы включим микрофон участников, желающих обсудить или задать вопросы. 

Семинар ведут:

Александр Аксёнов

Роман Борисов

Ссылка на семинар Zoom

https://ucsd.zoom.us/j/6097252833

Расписание

Среда, 11 января, 2021, @ 9-11:00 AM Калифорния (PST)/20.00-22.00 Московское время

9:00 – 9:30 

  1. Деконволюция ГХ-МС открытых данных на GNPS с использованием MSHub [Слайды Slides][Слайды Slides] [Слайды Slides]

Данные:

MassIVE MSV000084829:

https://massive.ucsd.edu/ProteoSAFe/dataset.jsp?task=fb32ee1ad77c4254bd6aa161c1d50c18

[Метаданные file]

Полные данные на MassIVE (MSV000084379):

https://massive.ucsd.edu/ProteoSAFe/dataset.jsp?task=a4b43ea89a374c93909e1935dd6b22be

Ссылка на результаты деконволюции: 

https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=3c71add62f7d4366b0aa42378e00f09b

Ссылка на результаты деконволюции для всех данных:

https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=1a6cd110469d40b3be6507808e613682

9:30 – 10:00                        

  1. Поиск по библиотекам и аннотация. [Слайды Slides] [Слайды Slides].

Ссылка на результаты поиска по библиотекам GNPS:

https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=ab0d142fbf2741aaa62790797bb10e8b

Ссылка на результаты поиска по библиотекам GNPS для всех данных:

https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=959e002c81af433ba29bc2eb4f3ae620

10:00 – 10:30         

  1. Построение и интерпретация молекулярных сетей с помощью Cytoscape [Слайды Slides] [Слайды Slides] [Файл сети graphml file]

10:30 – 11:00

  1. Вопросы и обсуждение

Полезные ресурсы:

Документация по загрузке файлов 

Документация по использованию GNPS

Как приготовить метаданные

Как добавить спектры на GNPS

Видео инструкции по использованию GNPS для ГХ-МС: https://www.youtube.com/watch?v=KIOim2h8i64 

Примеры использования молекулярных сетей:

https://www.youtube.com/watch?v=bDZj7NI-ZGw

https://www.youtube.com/watch?v=r7DSsL03Hbk

https://www.youtube.com/watch?v=fWus3zhKbOA

https://www.youtube.com/watch?v=eNLPrAjuX6w

https://www.youtube.com/watch?v=cNPW6V3RJY4

Рекомендуемая литература

GNPS: https://www.nature.com/articles/nbt.3597

GNPS для ГХ-МС данных: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0700-3