20 января 2021 года под эгидой ВМСО пройдет онлайн-семинар по применению нейросетей в анализе данных ГХ/МС с целью идентификации соединений и качественного сравнения массивов данных. Семинар будет проводиться на русском языке на платформе Zoom, время начала 19:00 (МСК).
Молекулярные сети на основе Global Natural Products Social Molecular Networking (GNPS) для данных газовой хроматографии-масс спектрометрии (ГХ-МС)
Семинар
Среда 20 января 2021 года
О чем этот семинар
Цель этого семинара ознакомить участников как с тем как анализировать данные газовой хроматографии-масс спектрометрии (ГХ-МС) с использованием инфраструктуры анализа Глобальной социальной молекулярной сети (Global Natural Products Social Molecular Networking, GNPS, https://gnps.ucsd.edu).
Аудитория
Данный семинар предназначен для исследователей использующих газовую хроматографию-масс-спектрометрию. Участники могут работать со своими собственными данными или с открытыми данными в формате cdf/mzML.
Что необходимо для семинара
- Программное обеспечение для видеоконференций Zoom (обязательно)
- Зарегистрированный аккаунт на GNPS (https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/static/gnps-splash.jsp) (обязательно)
- Установленная программа Cystocape (https://cytoscape.org/ ) (обязательно).
- Собственные данные (желательно).
Задачи
- подготовка данных и метаданных
- анализ данных ГХ-МС на веб-платформе GNPS
- просмотр и интерпретация результатов на GNPS
- создание и интерпретация молекулярных сетей с помощью Cytoscape
Этикет использования Zoom
При входе на семинар все участники отключают микрофон. Если вы хотите задать вопрос, пожалуйста, отправьте сообщение в чат. Мы включим микрофон участников, желающих обсудить или задать вопросы.
Семинар ведут:
Александр Аксёнов
Роман Борисов
Ссылка на семинар Zoom
https://ucsd.zoom.us/j/6097252833
Расписание
Среда, 11 января, 2021, @ 9-11:00 AM Калифорния (PST)/20.00-22.00 Московское время
9:00 — 9:30
- Деконволюция ГХ-МС открытых данных на GNPS с использованием MSHub [Слайды Slides][Слайды Slides] [Слайды Slides]
- Загрузка файлов на платформу (https://ccms-ucsd.github.io/GNPSDocumentation/fileupload/ ).
- Обзор GNPS и молекулярных сетей
Данные:
MassIVE MSV000084829:
https://massive.ucsd.edu/ProteoSAFe/dataset.jsp?task=fb32ee1ad77c4254bd6aa161c1d50c18
[Метаданные file]
Полные данные на MassIVE (MSV000084379):
https://massive.ucsd.edu/ProteoSAFe/dataset.jsp?task=a4b43ea89a374c93909e1935dd6b22be
Ссылка на результаты деконволюции:
https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=3c71add62f7d4366b0aa42378e00f09b
Ссылка на результаты деконволюции для всех данных:
https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=1a6cd110469d40b3be6507808e613682
9:30 — 10:00
Ссылка на результаты поиска по библиотекам GNPS:
https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=ab0d142fbf2741aaa62790797bb10e8b
Ссылка на результаты поиска по библиотекам GNPS для всех данных:
https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/status.jsp?task=959e002c81af433ba29bc2eb4f3ae620
10:00 — 10:30
- Построение и интерпретация молекулярных сетей с помощью Cytoscape [Слайды Slides] [Слайды Slides] [Файл сети graphml file]
10:30 — 11:00
- Вопросы и обсуждение
Полезные ресурсы:
Документация по загрузке файлов
Документация по использованию GNPS
Видео инструкции по использованию GNPS для ГХ-МС: https://www.youtube.com/watch?v=KIOim2h8i64
Примеры использования молекулярных сетей:
Рекомендуемая литература
GNPS: https://www.nature.com/articles/nbt.3597
GNPS для ГХ-МС данных: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0700-3